当借条丢失且债务人还款后，为了确保双方权益，应当采取以下步骤来写凭证：
出具收据或收条
债权人应据实写明收到还款的实际金额。
注明原借条已遗失，无法退回。
明确借款的金额、还款的金额和时间。
双方签字确认
借款人和债权人双方都应在凭证上签字确认。
转账备注
如果通过银行转账还款，可以在转账备注中注明因借条遗失无法退回，并声明原借条作废。
见证人
可以找双方都信得过的第三方作为见证人，以增加凭证的法律效力。
律师见证
如果条件允许，可以请律师代为起草和见证，这样更能确保凭证的法律效力。
保存证据
保留好所有相关的交流记录，如短信、邮件等，以备不时之需。
以上步骤均基于《中华人民共和国民法典》的相关规定，确保了借贷关系的明确性和还款事实的确认。
